木耳有止血的功效，如女性經期食用木耳會導致經血量少，經期縮短等現象。
木耳強于通便，適宜便秘的人食用，如本身有腹瀉的人不宜吃，以免加重病癥。
木耳是一種真菌類食用菌，其中含有致敏成分，一般人食用不會過敏，但對于易過敏體質而言容易出現吃木耳過敏的現象，平時若是吃菌過敏的不宜吃木耳，以免誘發過敏癥狀，如：腹痛、腹瀉、嘔吐等。
因為新鮮木耳中含有光敏物質卟啉，食后經陽光照射會發生日光性皮炎，日光性皮炎又稱急性日曬傷，曬斑，是皮膚接受強烈光線照射引起的一種急性損傷性皮膚反應，患處皮膚表現為紅腫、灼熱、疼痛，甚至出現水皰、灼痛、皮膚脫屑等癥狀，有的患者還會出現頭痛、發熱、惡心、嘔吐等全身癥狀。建議日常吃經過加工干制的木耳，這樣在曝曬過程中大部分卟啉會被分解掉，食用也就安全多了。
木耳有抗凝血的功效，如果有凝血功能問題的人吃木耳反而對身體不利，不利于病情恢復。
任何食物都不宜多吃，木耳也不例外，雖熱其營養價值高，但吃多了反而會引發腸胃不適，如腹痛、消化不良、腹瀉等。
木耳沒煮熟就食用了，食用者很可能會在之后出現腹痛、吐瀉、頭暈、嘔吐等中毒癥狀，也有可能部分人身體腸胃消化功能好，吃了未熟的木耳也沒什么事，但最好是不要吃未熟的木耳，避免健康風險。
木耳泡太久，會被細菌“椰毒假單胞菌”污染，而椰毒假單胞菌會產生一種叫米酵菌酸的毒素，損害人的肝、腦、腎等器官，這種毒素耐熱，烹調不能去除，如果一旦發現誤食有發黏、異味、色澤改變的變質木耳，應該立即催吐，催吐后需盡快到醫院治療，該毒素潛伏期最長可達3天，凡與患者吃過同種食物的人，不論是否發病，都應一律送往醫院觀察、治療。
寒性食物具有滑利性，食用寒性食物可以促進排便，而木耳富含膠質和粗纖維，也可以增強腸道的潤滑度，如果兩種食物一起食用過多，會影響腸道健康，有可能出現腸道不適的情況。
寒性食物有：楊桃、秋葵、茄子、苦瓜、菱角、柚子、蘆薈、田螺、蛤蜊、水鴨等。
吃木耳可能會使大便變黑的。
因為木耳中含有一定量的黑色素，吃了后大便可能會變黑；也有可能是吃的木耳沒有完全被消化，以食物殘渣的形式和糞便一起排出來，表現出大便成黑色的狀態。
如果沒有伴隨其他異味等情況是不必太擔心的，而且導致大便變黑的原因還有很多，包括：上消化道及胃、十二指腸出血，血制品，含有黑色素的食物等，都會讓大便的顏色變黑，若伴有身體疼痛等不適癥狀的，最好就醫辯證治療。
適量進食木耳有減肥的作用。
1、木耳所含的熱量較低，每100克的黑木耳所含有的熱量為25大卡，在進食以后不會引起脂肪堆積。
2、木耳中含有較多的膳食纖維成分，食用以后可以增加飽腹感，減少其他食物的攝入，有利于減肥。
3、木耳中的粗纖維成分還能夠促進胃腸道蠕動，有利于體內宿便以及代謝的產物排出。
不過想要減肥效果好的話，需同時在飲食上減少油炸以及高熱量食物攝入，在減肥期間，還應該多進行有氧運動，有利于促進脂肪燃燒。
